DOXA признана «нежелательной организацией». «Нежелательной» признана чешская организация Mnenie media z.s., которая якобы аффилирована с журналом. О таком решении Генпрокуратуры сообщил депутат Госдумы Виталий Пискарёв, член думского Комитета по противодействию коррупции, отправлявшего в надзорные органы соответствующее обращение. Он назвал организацию «откровенно вражеской».
Депутаты заявили, что издание размещало инструкции по поджогам военкоматов, отделов полиции и военной техники, призывы к российским военнослужащим сдаваться в плен ВСУ, материалы о том, как сопротивляться силовикам и «захватывать университеты».
В апреле 2022 года суд признал журналистов DOXA: Аллу Гутникову, Армена Арамяна, Владимира Метелкина и Наталью Тышкевич — виновными в вовлечении несовершеннолетних в противоправную деятельность. Их приговорили к двум годам исправительных работ. Помимо этого, суд запретил им в течение трех лет администрировать сайты.
Позже в апреле 2023 года против редактора DOXA Марии Меньшиковой возбудили уголовное дело об оправдании терроризма — за пост во «ВКонтакте», где читателей призывали подписаться на антивоенную рассылку и писать письма заключенным, арестованным за поджоги венкоматов.
