Голунов был задержан 6 июня на Цветном бульваре в Москве. Более 12 часов ему не давали связаться с близкими и вызвать адвоката. В УВД по Западному округу Москвы на улице Лобачевского его избили. Смывы рук и срезы ногтей, которые позволили бы выяснить, прикасался ли он к наркотикам, были проведены спустя сутки после задержания.
Генеральный директор «Медузы» Галина Тимченко и главный редактор Иван Колпаков заявили, что в последние месяцы Голунову поступали угрозы. По данным «Проекта», за фабрикацией дела журналиста могли стоять генерал-полковник ФСБ Алексей Дорофеев и подполковник Марат Медоев. Голунов готовил материал о возможной связи этих людей со столичным рынком похоронных услуг.
8 июня судья Никулинского районного суда города Москвы Михаил Максимов отказал следователю в заключении под стражу журналиста-расследователя Ивана Голунова. Голунову назначен домашний арест до 7 августа. На время домашнего ареста журналисту запрещено пользоваться средствами связи и общаться с другими фигурантами дела.